Komunikacja procesora z resztą systemu komputerowego odbywa się za pomocą tzw. magistral. Magistrala jest zbiorem linii, po których równolegle przebiegają sygnały. Jeśli sygnały mogą biegnąć tylko w jednym kierunku, to magistrala jest jednokierunkowa, jeśli w obu kierunkach, to magistrala jest dwukierunkowa.  W naszym przypadku będą to sygnały binarne. Wyróżniamy trzy rodzaje magistral:

1. Magistrala danych (ang. data bus) - przenosi dane pomiędzy procesorem a pamięcią i urządzeniami wejścia/wyjścia. Może pracować w obu kierunkach - tzn. procesor może umieszczać na niej dane dla określonego urządzenia w systemie (dane biegną od procesora do systemu) lub urządzenie może umieszczać na niej dane dla procesora (dane biegną z systemu do procesora). Takie rozwiązanie wymaga zastosowania tzw. buforów trójstanowych, czyli bramek, które można wprowadzić w stan wysokiej impedancji wyjścia, dzięki czemu odłączają one wewnętrzną magistralę od sygnałów zewnętrznych - w przeciwnym razie procesor mógłby zakłócać dane przesyłane do niego z innych urządzeń w systemie.
2. Magistrala adresowa (ang. address bus) - przenosi adres dla układów pamięci lub dla urządzeń wejścia/wyjścia. W przypadku pamięci adres ten określa numer komórki, z której procesor chce odczytać dane lub do której procesor chce dane zapisać. Dla urządzeń wejścia/wyjścia adres określa numer urządzenia, z którym chce się skomunikować procesor. Magistrala adresowa również może pracować w obu kierunkach - często urządzenia we/wy same pobierają lub zapisują dane w pamięci komputera stosując technologię bezpośredniego dostępu do pamięci (ang. DMA - Direct Memory Access). Odciąża to procesor od zajmowania się taką transmisją - może on w tym czasie wykonywać inne zadania.
3. Magistrala sterująca (ang. control bus) - przenosi sygnały sterujące pracą pozostałych składników w systemie oraz sygnały informacyjne dla procesora (np. że dane z pamięci są już gotowe do odczytu z magistrali danych). Jednym z sygnałów na tej magistrali jest sygnał taktowania. Procesor oraz pozostałe urządzenia w systemie wykonują działania zgodnie z sygnałami zegarowymi, które nazywamy taktami. Umożliwia to synchronizację tych urządzeń. Szybkość zegara determinuje szybkość pracy procesora. Im większa częstotliwość sygnału zegarowego, tym szybciej procesor przetwarza dane. Jednakże nie można tej częstotliwości dowolnie zwiększać - układy elektroniczne tworzące sieć logiczną komputera posiadają określoną szybkość reakcji. Jeśli zegar będzie pracował zbyt szybko, to nie zdążą się one ustabilizować i komputer przestanie po prostu poprawnie działać.

Sposób współpracy poszczególnych elementów składowych komputera jest następujący:

Gdy procesor chce odczytać dane z pamięci lub z urządzenia wejścia, to postępuje następująco:

1. Umieszcza na magistrali adresowej adres komórki pamięci lub numer urządzenia we/wy.
2. Na magistrali sterującej umieszcza informację, że chce odczytać dane z pamięci lub z urządzenia we/wy.
3. Pamięć lub urządzenie wejścia umieszcza dane na magistrali danych.
4. Pamięć lub urządzenie wejścia umieszcza na magistrali sterującej informację, że dane są gotowe do odczytu z magistrali danych.
5. Procesor odczytuje dane z magistrali danych.

Podobnie wygląda zapis do pamięci lub do urządzenia wyjścia:

1. Procesor umieszcza dane na magistrali danych.
2. Procesor umieszcza adres komórki pamięci lub numer urządzenia wyjścia na magistrali adresowej.
3. Procesor umieszcza na magistrali sterującej informację, że chce zapisać dane do pamięci lub urządzenia we/wy.
4. Pamięć lub urządzenie wyjścia odczytują dane z magistrali danych. Pamięć umieszcza dane pod adresem odczytanym z magistrali adresowej. Dla urządzeń wyjścia adres określa numer urządzenia, dla którego są przeznaczone dane.
5. Pamięć lub urządzenie wyjścia umieszczają na magistrali sterującej potwierdzenie odebrania danych.

Wewnętrznie procesor składa się z wielu bloków funkcjonalnych. Poniższy schemat prezentuje bardzo uproszczoną budowę wewnętrzną procesora (rzeczywiste rozwiązania są wyposażane w wiele dodatkowych elementów, których omówienie wykracza poza ramy tego artykułu):

Działanie tych bloków omówimy na prostych przykładach.

Instrukcja dla procesora jest kodem binarnym, który określa rodzaj operacji do wykonania. Ciąg instrukcji tworzy program dla procesora. Instrukcje są umieszczane w komórkach pamięci. Do adresowania instrukcji w programie procesor używa specjalnego rejestru zwanego licznikiem rozkazów lub licznikiem programu (ang. PC - program counter). Rejestr ten przechowuje adres instrukcji do wykonania. Aby pobrać daną instrukcję, procesor przesyła zawartość rejestru PC na magistralę adresową i odczytuje dane umieszczone pod tym adresem w pamięci do rejestru instrukcji (ang. IR - instruction register). Po pobraniu kodu instrukcji rejestr licznika programu PC jest odpowiednio zwiększany i wskazuje kolejną instrukcję w pamięci programu (w ten sposób pobierane są kolejne instrukcje w programie).

Po umieszczeniu instrukcji w rejestrze IR do pracy przystępuje dekoder instrukcji. Jest to bardzo skomplikowana sieć logiczna, która analizuje odczytany rozkaz i na tej podstawie określa sekwencję mikrorozkazów, które należy wewnętrznie wykonać, aby zrealizować pobraną instrukcję. Mikrorozkazy wykonuje blok sterowania (ang. CU - control Unit), wysyłając odpowiednie sygnały sterujące do pozostałych bloków procesora.

Po zakończeniu wykonywania instrukcji cały cykl pobrania kolejnego rozkazu powtarza się.

Współczesne procesory pobierają rozkazy z pamięci zewnętrznej do tzw. kolejki rozkazowej (ang. instruction queue). Proces ten jest zwykle niezależny od działania pozostałych elementów procesora i odbywa się równolegle z wykonywaniem innych rozkazów. Takie rozwiązanie przyspiesza pracę procesora, ponieważ po zakończeniu danego rozkazu ma on gotowy kod następnego w kolejce. 

Operacje arytmetyczne i logiczne są wykonywane przez tzw. jednostkę arytmetyczno logiczną (ang. ALU - arithmetic logic unit). Jest to skomplikowana sieć logiczna, która potrafi wykonywać na dostarczonych danych operacje arytmetyczne (dodawanie, odejmowanie, mnożenie, dzielenie, porównanie) oraz logiczne (alternatywa, koniunkcja, suma symetryczna, operacje przesuwu bitów). Dane dla operacji mogą być pobierane z bloku rejestrów wewnętrznych lub z pamięci zewnętrznej albo z urządzeń wejścia/wyjścia. Również wyniki tych operacji mogą trafić do rejestrów wewnętrznych lub pamięci/urządzeń we/wy. Pozwala to realizować praktycznie dowolne algorytmy przetwarzania danych.

Blok rejestrów jest pamięcią wewnętrzną procesora. Powodów stosowania rejestrów wewnętrznych jest kilka. Przede wszystkim są one wewnątrz procesora, zatem dostęp do przechowywanych w nich danych jest bardzo szybki. Drugim powodem jest to, iż rejestrów jest zwykle niewiele i adresowanie nie wymaga wielu bitów, jak w przypadku pamięci zewnętrznej. Zatem kody instrukcji działających na rejestrach mogą być krótkie (np. 1-bajtowe). Ponieważ w rejestrach można również przechowywać adresy, rozwiązanie to jest bardzo wygodne.

Zwykle jeden z rejestrów posiada więcej funkcji niż pozostałe (nie jest to regułą) i nosi on nazwę akumulatora (ang. accumulator register). Akumulator często jest jednym z argumentów operacji arytmetyczno-logicznych oraz miejscem umieszczania wyniku tej operacji. Stąd właśnie pochodzi nazwa tego rejestru - akumuluje on jakby wyniki przetwarzania.

Współczesne procesory zawierają również jednostkę arytmetyki zmiennoprzecinkowej (ang. FPU - floating point unit). Potrafi ona wykonywać sprzętowo (tzn. bardzo szybko) operacje na liczbach rzeczywistych oraz wyliczać wiele funkcji matematycznych (pierwiastek, sinus, cosinus, tangens, logarytm, itp.).

Procesor często musi zmieniać kolejność wykonywanych instrukcji. Osiąga się to za pomocą tzw. rozkazów skoków. Rozkaz skoku za kodem instrukcji zawiera adres, od którego procesor powinien kontynuować pobieranie kolejnych instrukcji. Adres ten jest po prostu wpisywany do rejestru licznika programu. Po wykonaniu tej operacji kolejną instrukcję procesor pobierze spod wskazanego adresu.

W podobny sposób wykonywany jest skok do podprogramu. Jedyna różnica polega na tym, iż procesor zapamiętuje, skąd ten skok nastąpił (tzn. adres zaraz za instrukcją skoku do podprogramu). W podprogramie może być zawarta instrukcja powrotu, która powoduje, iż ten zapamiętany wcześniej adres zostaje z powrotem umieszczony w rejestrze licznika rozkazów i program kontynuuje się od następnej instrukcji za instrukcją skoku do podprogramu. Pozwala to wielokrotnie wykorzystywać często używane fragmenty kodu w różnych miejscach programu - piszemy tzw. podprogram, czyli ciąg instrukcji zakończony instrukcją powrotu z podprogramu, a następnie skaczemy do niego z różnych miejsc w programie za pomocą instrukcji skoku do podprogramu. Stosowanie podprogramów często skraca długość programu i upraszcza go.

Adres powrotu zapamiętywany jest na tzw. stosie maszynowym (ang. machine stack). Jest to obszar pamięci adresowany przez rejestr wskaźnika stosu (ang. SP - stack pointer). Stos zwykle rośnie w dół pamięci. Zapis na stos jest wykonywany następująco (jedna z możliwych wersji - w różnych procesorach szczegóły mogą wyglądać inaczej):

1. Procesor przesyła zawartość rejestru SP na magistralę adresową, a daną do zapisu na magistralę danych.
2. Procesor na magistrali sterującej umieszcza żądanie zapisu do pamięci.
3. Po otrzymaniu potwierdzenia zapisu, procesor zmniejsza zawartość rejestru SP, tak aby wskazywał on niższe, niezajęte miejsce na stosie.

Odczyt ze stosu wykonywany jest następująco:

1. Procesor zwiększa zawartość rejestru wskaźnika stosu SP, aby wskazywał on poprzednio zapisaną na stosie daną.
2. Procesor umieszcza na magistrali adresowej zawartość SP, a na magistrali sterującej umieszcza żądanie odczytu pamięci.
3. Po otrzymaniu potwierdzenia, procesor odczytuje z magistrali danych daną ze stosu.

Stos jest bardzo wygodną strukturą danych i jej wykorzystanie nie ogranicza się tylko do podprogramów i ich adresów powrotnych. Zwykle każdy procesor posiada wiele rozkazów, które pozwalają mu umieszczać na stosie zwartości rejestrów, innych komórek pamięci, itp. Dzięki stosowi można realizować wiele algorytmów rekurencyjnych.

Program zwierający instrukcje dla procesora nosi nazwę kodu maszynowego (ang. machine code). Jest to kod binarny, dla człowieka zwykle nieczytelny. Aby umożliwić programowanie procesorów opracowana w latach 50-tych XX wieku język symboliczny, zwany językiem asemblera (ang. assembler lub assembly language). W języku tym każda instrukcja maszynowa jest reprezentowana za pomocą tzw. mnemonika, czyli kilkuliterowego napisu, który kojarzy się z wykonywaną operacją. Dodatkowo określone są reguły dla argumentów operacji.

Przykład (mikroprocesor 6502)

Program napisany w języku asemblera jest zwykłym tekstem - składa się z liter. Procesor w takiej postaci nie jest w stanie go zrozumieć. Dlatego należy zawsze dokonać kompilacji, czyli zamiany tekstu programu na odpowiadające mu instrukcje binarne dla procesora. Operacji tej dokonuje program zwany asemblerem.

Programowanie w języku asemblera daje 100% kontrolę nad całym komputerem. Jednakże jest bardzo trudne, ponieważ programista musi dokładnie znać budowę całego komputera, specyfikę wykonywania w nim różnych działań, itp. Poza tym każdą operację należy rozbić na elementarne instrukcje dla procesora. Programy w języku maszynowym są mało czytelne dla człowieka, a częste błędy trudno zdiagnozować i wymagają one dużej koncentracji przy ich wyszukiwaniu. W początkach swojej działalności informatycznej często programowałem w asemblerze komputery ZX81, ZX-Spectrum, Atari 800XL/130XE, Commodore 64, Amiga i IBM. Nad niektórymi błędami w programach straciłem całe tygodnie (nie narzekam, bo miałem z tego mnóstwo satysfakcji i niezłą zabawę intelektualną). Dlatego, o ile nie istnieją jakieś ważne powody, lepiej jest programować komputery w językach wysokiego poziomu, jak chociażby C++. Zaoszczędzimy wiele czasu i niepotrzebnej frustracji - chociaż i tam błędy potrafią być złośliwe. Dodatkowo, programy w języku maszynowym są nieprzenośne na inne platformy sprzętowe, gdzie procesor ma inny zestaw rozkazów, inaczej są zorganizowane układy wejścia/wyjścia. Wad tych nie posiadają języki wysokiego poziomu, które nie działają na warstwie sprzętowej komputera, lecz na warstwie rozwiązywanego przez program problemu.